随着现代生物医药迅速发展，寡核苷酸标记技术在其各个领域发挥着重要的作用。修饰寡核苷酸可以开发诊断测试、治疗方法、检测方法、遗传分析，同时还可应用于基因合成、生物传感器、化妆品和农业，但其最主要应用领域是诊断和治疗。

诊断领域是寡核苷酸市场中增长最快的领域。这主要是由于检测方法的进步所驱动，尤其是在qPCR和测序技术方面。这些测序技术改进需要结合检测标记的改进，例如荧光团或电化学标记，以微调这些技术以提供更高的灵敏度和选择性。

以荧光素标记为例：在使用荧光素型染料标记寡核苷酸中，标签的选择是多种多样的，同时也取决于芳环的氯化程度。这决定了染料的荧光发射。5′-荧光素-CE亚磷酰胺（6-FAM）（化合物1），衍生自单一异构体6-羧基荧光素，5′-六氯荧光素-CE亚磷酰胺（化合物2）和5′-四氯荧光素-CE亚磷酰胺（TET （化合物3））可全部用于在5’端标记寡核苷酸。

另外两种可用于用荧光素标记寡核苷酸亚磷酰胺。虽然6-荧光素-CE亚磷酰胺（化合物4）和荧光素-CE亚磷酰胺（化合物5）都掺入了与化合物1相同的荧光染料，但连接主链却有所不同。

化合物4具有1,3-二醇结构，其中另外一个的OH被DMTr保护。这不仅可以通过DMTr释放来监测耦合效率，还可以用于Oligo链状寡核苷酸分子的合成单元，例如，DNA探针技术。但是，这通常需要在每次添加之间结合连接子，以防止荧光素的自行猝灭。以相同的方式使用C3间隔（化合物6）来模拟dR的3’端和5’端之间的距离，化合物4的1,3-二醇排列显示了相同的情况。必须指出的是，与间隔基-C3一样，主链会发生扭曲，尤其是多次引入时。与所有5′-DMTr保护（或相似的）一样，DMTr基团可辅助用于纯化。

荧光素-CE亚磷酰胺（化合物5）具有与化合物4相同的功能性，但在这种情况下，连接点通过硫脲键连接到荧光素上。这模仿了将荧光素掺入氨基修饰的寡核苷酸的原始方法。必须注意，在这种情况下，连接方式通过5‘端连接形成一个完整的系统。

下图中3’末端荧光素也可以作为oligo引物合成的单体。使用荧光标记引物，通常选荧光素在5′端-异构体或3′-荧光素CPG（化合物7）和由6-FAM制备的3′-（6-荧光素）CPG（化合物8）。此外，我们还可以用3′-（6-FAM）CPG（化合物9）和Fluorescein-dT CPG（化合物10），它们也衍生自6-羧基荧光素。化合物8还可以有效阻止聚合酶延伸以及核酸外切酶3’活性末端，化合物9在这两种过程中起到促进作用。当使用这些载体中的任何一种时，通常用氢氧化铵进行的切割和脱保护，释放出荧光素标记的寡核苷酸。

参考文献：Fluorescence based strategies for genetic analysis, R.T. Ranasinghe and T. Brown, Chem. Commun. , 54875502, 2005.